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Science用这个技术用疯了 ---顺便算一下用这个技术花了多少时间和成本
来源: | 作者:Fotebio 陈老湿 | 发布时间: 2019-04-06 | 686 次浏览 | 分享到:

在8月-11月三个月内连续有5篇NATURE的文章引用了FORTEBIO的BLI技术无独有偶,在2018年11月后面的两个月内SCIENCE也有四篇引用了BLI技术。在过去一年中引用BLI技术的SCIENCE文献数量达到了5篇,这个数量远远超过了其他同类的产品,为什么Fortebio的BLI技术会被CNS频繁使用呢,今天陈老湿不仅会介绍这些文献,而且会根据文献Methods里对BLI方法的叙述中计算拿到这些BLI数据的成本和时间。

1)2018年12月发表的文献1
  High-affinity allergen-specific human antibodies cloned from single IgE B cell transcriptomes.Science 362,1306–1309

从食物过敏个体中分离出单个IgE B细胞并使用单细胞RNA测序技术发现IgE基因的重排机制,并分离出了与花生过敏原Ara h 2 and Ara h 3有高亲和力的IgE抗体。这个研究通过生化手段解析了生产IgE的B细胞转录组学。
该文用OCTET做了大量的IgE与过敏原的相互作用.

  • 仪器:OCTET RED96(8通道)

  • 传感器:anti-Human Fc(AHC)


步骤:baseline,10分钟;抗体固化,2-3min;2-5分钟的第二步平衡;5分钟的过敏原结合,而解离时间根据亲和力不同,高亲和力解离时间为半个小时,而比较低的亲和力仅为5分钟。


本文共做了12个抗体和2个抗原的5个浓度(含零浓度)的亲和力,如果用5个通道检测(一共8通道),一共要检测24轮,其中解离的时间5,10,30分钟各8个,测试一轮的时间分别约为35,40,60分钟。总共需要18个小时。大概需要一天的时间就可以完成了,别忘记这个过程是个全自动化的过程,只需要将抗体和抗原稀释一下准备4块样品板就可以了。


根据文献里的叙述,传感器是可以用pH1.5的甘氨酸再生的,至少可以再生10次,测试24轮只需要15根传感器,大概成本为800元不到。因为FORTEBIO的OCTET几乎没有其他的维护费用和缓冲液的费用,所以使用成本就是耗材成本(传感器的成本),所以这个费用远远低于其他的同类产品。

 

2)2018年12月发表的文献2


Innate immune recognition of glycans targets HIV nanoparticle immunogens to germinal centers.Science 10.1126/science.aat9120(2018).


纳米颗粒HIV免疫原能够更加高效地诱导中和抗体反应,是一种非常有潜力的HIV的疫苗。美国麻省理工学院等多家研究机构的研究人员比较了HIV抗原在以蛋白纳米颗粒形式或者以游离形式存在时在初次免疫后的命运。不同于单体抗原的是,纳米颗粒抗原被快速地运送到滤泡树突细胞(follicular dendritic cell,FDC)网络,随后以依赖于补体、甘露糖结合凝集素(mannose-binding lectin,MBL)和免疫原聚糖(immunogen glycan)的形式聚集在生发中心。这个研究发现了新的天然免疫识别机制。


OCTET RED96用来检测免疫后得到的多克隆抗体和疫苗(免疫原)亲和力,以及MBL和抗原的亲和力。包括5种抗原和MBL的五到六个浓度点的测试,以及两种抗原和相应的多抗的检测。



生物素化的蛋白固化在SA传感器上是永久性固化,用再生缓冲液只能将分析物洗下来,而在再生缓冲液的作用下,固化物可能发生不可逆的变性,这个时候传感器是一次性使用的。但是不排除通过再生缓冲液的摸索,传感器可以再生使用。

从该篇文章对BLI使用方法的描述上来看,文章并没有提到SA传感器是再生使用的。假设传感器不重复使用,那么这个实验需要5X6(MBL结合实验)+2X5(多抗检测)=40根SA传感器,费用大概是2000元RMB。所用的时间为5X20(MBL结合实验)+2X40(多抗检测)=180分钟,大概只需要3个小时就可以检测完7对实验(每对实验5个或者6个浓度)。花2000元拿到那么多可以发SCIENCE的数据,值了!


3)2019年1月发表的文献3


Secreted amyloid-b precursor protein functions as a GABABR1a ligand to modulate synaptic transmission.Science 363,143(2019)


淀粉样β前体蛋白(sAPP)可能被认为与老年痴呆症有关联,本文通过pull-down以及质谱在神经元细胞突触上鉴别出了sAPP的受体GABABR1a,并且用OCTET鉴定了受体与sAPP的结合部位,两者的结合可以抑制突触位点的神经元交流。而这个受体可以成为治疗老年痴呆症的靶点。



怎么知道sAPP与GABABR1a的Sushi1结构域而不与Sushi2结构域结合呢?


作者用Forteio的单通道仪器BLITZ来检测两者的结合,用anti-human Fc传感器固化293细胞表达上清中的Fc融合Sushi1,Sushi1-2,Sushi2,然后和93uM的sAPP进行结合。并用Fc蛋白与sAPP的结合信号作为背静扣除。



实验大概步骤是:固化10分钟(离线孵育,将传感器浸入到293上清即可),考虑到这个反应是快上快下的低亲和力相互作用,结合与解离各1分钟就够了。只有三个分析物的一个浓度,加上空白Fc的结合,结合解离一共做4轮。整个实验半个小时内就可以完成!Anti-Human Fc传感器可以再生10次以上,理论上用1根传感器就可以完成,但是没必要那么抠,就算用4根传感器不再生,成本也只在200元左右。


在11月份也有一篇SCIENCE使用了FORTEBIO,请点击这里


读到这里,大家应该明白为什么CNS那么喜欢用ForteBio的BLI技术了吧,成本低,速度快,使用简单灵活,还可以做粗样品!真的是一款买的起用的起的仪器。想搞点相互作用数据发CNS?考虑一下Fortebio吧!




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