在前几期文章中,NATURE,SCIENCE都有ForteBio的生物膜干涉技术的身影(点这里和这里),那么另外一个作为CNS的CELL呢?陈老湿发现,仅2019年前两个月就有三篇文章引用了生物膜干涉技术(BLI)哦!其中的一篇是关于陈列平教授组发现了新的肿瘤免疫抑制靶点的研究,这篇文章在生物制药界引起了不小的轰动哦!另外去年11月也有一篇,这里陈老湿就把这四篇CELL介绍一下,顺便看看别人是怎么描述生物膜干涉技术方法和结果的,给各位写文章的时候做个参考。
最近的引用Biolayer Interferometry的CELL文章
文献1:Fibrinogen-like Protein 1 Is a Major Immune Inhibitory Ligand of LAG-3Cell,Volume 176,Issues 1–2,10 January 2019,Pages 334-347.e12
继PD1后,陈列平组又发现了FGL1是LAG-3受体的免疫抑制配体,是一个很有希望的肿瘤药物靶点。因为这篇文章的影响力很大,网上的关于这篇文章的介绍铺天盖地,陈教授用ForteBio的Octet做了哪些事情呢?其实Octet是筛选靶点中的重要一环,请看下图。
陈列平组筛选LAG3受体的技术路线
Octet主要用于新发现的配体和受体的亲和力验证,也就是说最后到底有没有亲和力,用Octet一测便知。
将LAG3固化在proA传感器上,与FGL1结合解离,测得KD为1.5nM。该数据图用的是Octet分析软件输出的结果图(未加网格和拟合线)。
文中对BLI方法相互作用部分字数并不多,但是文章简明扼要的指出了传感器类型,固化物与分析物的浓度、软件名称和模型。原则上还需要指出所用试剂的来源,因为CELL杂志有专门的表格记录试剂来源,所以不需要在方法叙述部分写出。
文献2:The NLRP6 Inflammasome Recognizes Lipoteichoic Acid and Regulates Gram-Positive Pathogen Infection
本文发现了NLRP6炎性小体可以识别脂磷壁酸(LTA),从而介导革兰氏阳性菌的感染。作者用Octet RED96做了NLRP6受体与脂磷壁酸的相互作用。
LTA以及GPR(磷酸甘油酯重复序列)缺失的LTA与NLRP6受体的结合
可见,LTA可以强烈的结合NLRP6,而缺失了GPR序列的LTA则没有结合,说明两者的GPR序列是两者结合的LTA上的位点。在分子水平的相互作用实验上,作者主要采用了IP(免疫共沉淀)和BLI。而前者不仅是定性的,而且是间接的,而后者是定量和直接的。虽然BLI数据图没有体现网格线和拟合线的原始图,但是标记了浓度。
此文对BLI的方法描述非常详细,每个步骤的条件(时间,缓冲液,温度)都有详细描述。
文献3:Unexpected Receptor Functional Mimicry Elucidates Activation of Coronavirus Fusion.
本文从结构学角度揭示了冠状病毒SARS,MERS的S跨膜糖蛋白进入宿主细胞的机制。通过解析受体阻断抗体和S蛋白复合物的结构和功能的关系,发现诱导S蛋白进行膜融合构象改变的结合位点。Octet主要用来检测抗体和S蛋白的亲和力。
抗体和SARS的S蛋白的结合解离
该BLI数据图标记了KD值,浓度,以及拟合曲线(虚线点)。
本文对BLI方法描述也非常详细,对传感器类型,缓冲液,每个步骤的时间以及分析物浓度等都有描述。
文献4:Acetylation Blocks cGAS Activity and Inhibits Self-DNA-Induced Autoimmunity.Cell 176,1–14
cGAS(cyclic GMP–AMP synthase)是胞质内环状GMP-AMP合成酶,其可识别胞质内DNA,活化产生信使cGAMP以激活干扰素IFN表达发挥抗病毒作用。军事医学研究院国家生物医学分析中心张学敏/李涛团队在这篇文章中揭示cGAS的乙酰化会抑制该酶的活性,并且发现阿司匹林可以乙酰化该酶,并且减轻由于该酶识别自身DNA而导致的自身免疫症状。
既然这个酶是用来识别DNA的,那就能用到检测DNA结合的神器ForteBio了。主要是将DNA固化在ForteBio链霉亲和素传感器上,与不同浓度的乙酰化位点突变的cGAS进行结合和解离。
DNA与cGAS的结合解离
该BLI数据图标记了KD值,分析物的浓度。
本文对BLI方法描述中,对仪器类型,传感器类型,缓冲液,每个步骤的时间以及分析物浓度等都有叙述。
总结:
从这几篇CELL可以看到,如果大家要写文章…
在BLI方法描述的时候需要下面信息:
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传感器类型,仪器类型
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测试温度
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每个步骤的时间
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固化物和分析物的名称,浓度,缓冲液
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分析软件和模型
在BLI数据结果图片方面:
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一般只放结合解离结果即可
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尽量放多浓度检测结果,并标注浓度
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标注KD值
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放不放拟合曲线可选
Octet软件自带的分析软件就可以导出高质量的数据图了,可以随心所欲修改图片的样式。当然也可以导出原始数据自己作图。当然最关键的是(和我一起念):
快速,低成本拿到精确的定量化数据!
参考文献:
1.Fibrinogen-like Protein 1 Is a Major Immune Inhibitory Ligand of LAG-3Cell,Volume 176,Issues 1–2,10 January 2019,Pages 334-347.e12.
2.The NLRP6 Inflammasome Recognizes Lipoteichoic Acid and Regulates Gram-Positive Pathogen Infection.
3.Unexpected Receptor Functional Mimicry Elucidates Activation of Coronavirus Fusion.
4.Acetylation Blocks cGAS Activity and Inhibits Self-DNA-Induced Autoimmunity.Cell 176,1–14.