由于超纯水对周遭环境物质有很高的溶解能力，因而被称为”hungry water”，随着取水后贮存时间的增加，会再度将环境中的污染物质溶解。超纯水从超纯水系统取出后，运送到实验操作的场所为止，超纯水很容易受到所使用容器之溶出物或是空气中的污染物质的污染，进而影响到实验的结果。因此，超纯水取水后的处理非常重要。

　　由于超纯水被取出后很容易遭到环境的污染，所以使用前才取水的【随取随用】方式是最适当的。只要超纯水与环境接触的时间缩到极短，才能够获得纯度极高的超纯水。此外，将实验室超纯水器与有机溶剂使用场所加以隔离，或是在化学抽风柜、无菌操作台进行取水，也能够降低污染。若无法做到前述要求，在研究室进行换气通风动作也会有一些效果。